Պաթոգեն գենոմիկա
Իմ լաբորատորիան օգտագործում է գենոմիկան ՝ հետաքննելու համար, թե ինչպես են վարակիչ հիվանդությունները կարողանում համաճարակներ առաջացնել և արագ տարածվել ամբողջ աշխարհում: Սրա միջոցով մենք հույս ունենք ավելի լավ վերահսկման ծրագրեր ուղղել, որոնք շատ ավելի արդյունավետ կլինեն հիվանդության տարածումը կասեցնելու համար: Մենք ներկայումս հետապնդում ենք երեք հիմնական թեմաներ, որոնք ներառում են (1) համաճարակային խոլերայի փոխանցման դինամիկան և էվոլյուցիան, (2) SARS-CoV-2 գենոմային համաճարակաբանությունը Լեռնային Արևմուտքում, և (3) կիրառելով One Health- ի մոտեցումները `հակամանրէային դիմադրությունը հասկանալու համար: .
Խոլերան ծառայում է որպես հիանալի մոդել `դիարեալ հիվանդությունների համաճարակաբանության բազմաթիվ ասպեկտներ հասկանալու համար` բռնկումների պայթյունավտանգ բնույթի և բրնձաջրերի յուրահատուկ աթոռի պատճառով: Հիմնվելով փոխանցման ավելի գլոբալ կենտրոնացված հետազոտությունների վրա, մեր ուշադրության կենտրոնում է այն, թե ինչպես կարող ենք օգտագործել այս գենոմային տեղեկատվությունը հանրային առողջության միջամտություններին առնչվող տարածական մասշտաբների վրա, ինչպիսիք են տնային տնտեսությունները կամ թաղամասերը: Մենք նաև շահագրգռված ենք իրական ժամանակի հաջորդականությունների օգտակարությամբ `հիմնական համաճարակաբանական պարամետրերի անկախ գնահատականներ տալու համար, օրինակ` R0 և դեպքերի ընդհանուր թվի գնահատականներ: Այս գործիքների օգնությամբ մենք կարող ենք ավելի լավ կանխատեսումներ անել այն մասին, թե որտեղ կարող է առաջանալ խոլերայի հաջորդ բռնկումը, և մենք կարող ենք նախագծել ռացիոնալ, ապացույցների վրա հիմնված միջամտություններ `խոցելի շրջաններում խոլերայի դադարեցման համար:
2020 թվականի մարտ ամսից սկսած ՝ իմ լաբորատորիան արագ հարմարվեց աշխատելու SARS-CoV-2 գենոմների հաջորդականության վրա ՝ վիրուսը, որը պատասխանատու է ընթացիկ COVID-19 համաճարակի համար: Դարել Դինվիդիի լաբորատորիայի (ՄԱՇ) հետ միասին մենք հանդիսանում ենք Նյու Մեքսիկոյի և Վայոմինգի հաջորդականության և գենոմիկայի առաջատարը և CDC-SPHERES կոնսորցիումի մի մասն ենք: Մենք սերտորեն համագործակցում ենք NM և WY Առողջապահության դեպարտամենտների, Լոս Ալամոսի ազգային լաբորատորիայի, ինչպես նաև տարածաշրջանային փորձարկման օբյեկտների հետ ՝ նմուշներ ձեռք բերելու և Լեռնային Արևմտյան տարածաշրջանում վիրուսի բռնկման վերլուծությանն ու փոխանցման պատմությանը համապատասխան վերլուծություն տրամադրելու համար: Այս առումով մենք հաջորդականացրել ենք տարածաշրջանի պետություններից գրեթե 1,000 վիրուսային գենոմ: Մեր նպատակն է գործնական տվյալներ տրամադրել մեր հանրային առողջապահության պատասխանատուներին այն մասին, թե ինչպես է SARS-CoV-2- ը տարածվում համայնքներում և նահանգներում և դրանց միջև:
Մենք նաև մեծ հետաքրքրություն ունենք գենոմային համաճարակաբանության այս տեխնիկան կիրառելու համար `հասկանալու, թե ինչպես են մանրէաբանական դիմադրության գեները շարժվում բակտերիալ պոպուլյացիաներում և ճնշումները, որոնք առաջացնում են այս տարածումը: Հակամանրէային միջոցների ոչ պատշաճ օգտագործումը ինչպես կենդանական, այնպես էլ մարդկային բժշկության մեջ նպաստում է հիմնական բակտերիալ պաթոգենների դիմադրողականության բարձրացմանը, օրինակ ՝ Salmonella sp. և Escherichia coli: Քանի որ մարդկանց առողջությունը կախված է շրջակա միջավայրի և կենդանիների առողջությունից (այսինքն ՝ մեկ առողջություն), հասկանալ, թե ինչպես են շարժվում AMR գեները և դիմացկուն պաթոգենները կենդանիներ-մարդ-միջավայր բնակչության միջև: